Pour répondre au cadre réglementaire et à la complexité des activités de recherche, le CHU Besançon Franche-Comté a adopté une gouvernance resserrée qui garantit la cohérence de sa stratégie tout en assurant une articulation avec l’ensemble des structures partenaires.

Ainsi, dans le cadre de la définition du volet recherche du nouveau projet médico-soignant 2022-2026, un comité stratégique recherche a été instauré pour piloter la stratégie de recherche et ses enjeux pour le CHU Besançon Franche-Comté.

Les orientations stratégiques définies sont déclinées par les différentes structures recherche de l’établissement. Cette déclinaison et sa coordination sont notamment assurées par la délégation à la recherche clinique et à l'innovation (DRCI) et le centre d'investigation clinique Inserm CIC 1431. Par ailleurs, toutes les structures de recherche et les pôles cliniques et médicotechniques de l’établissement sont associés à la politique recherche à travers le comité des experts. Composé notamment des référents recherche des pôles, ce comité assure une concertation sur les orientations scientifiques à poursuivre en matière de recherche.

Enfin, dans le cadre de la convention hospitalo-universitaire, la dimension recherche a été renforcée avec notamment une coordination avec l'université Marie et Louis Pasteur en matière de labellisation des plateformes. Le CHU Besançon Franche-Comté appartient ainsi au comité d’orientation scientifique plateformes mis en place dans la région Bourgogne Franche-Comté, mais également à l’incubateur DECA-BFC.