Activités de routine

• Diagnostic biologique des infections fongiques (cultures fongiques, identification microscopique, identification par spectrométrie de masse MALDI –TOF, détection d’antigène, antifongigramme)
• Diagnostic biologique des infections parasitaires (identification microscopique, détection d’antigène)
• Diagnostic moléculaire des infections fongiques et parasitaires (diagnostic par PCR quantitative (aspergilloses, mucormycoses, pneumocystoses), séquençage)
• Diagnostic sérologique des pneumopathies d’hypersensibilité (techniques d’immunoprécipitation, techniques immuno-enzymatiques, fabrication d’antigènes) 
• Surveillance de la contamination fongique de l’environnement hospitalier pour la prévention des infections fongiques nosocomiales

Activités spécialisées

Le laboratoire de parasitologie-mycologie a été désigné comme Centre national de référence (CNR) échinococcoses depuis 2012, renouvelé en 2017 (JO/ Arrêté du 7 mars 2017).

• Diagnostic sérologique et moléculaire des échinococcoses
• Surveillance nationale des échinococcoses alvéolaires (registre FrancEchino) et des échinococcoses kystiques (observatoire Ofrekys)

Le laboratoire a été labellisé comme Laboratoire de biologie médicale de référence pour le diagnostic sérologique des pneumopathies d’hypersensibilité (LBMR-PHS /JO-Arrêté du 15 juillet 2021).

• Production d’antigènes totaux, d’antigènes purifiés et d’antigènes recombinants
• Diagnostic sérologique personnalisé après étude microbiologique de l’environnement

Le laboratoire assure des activités de surveillance, en lien avec le diagnostic biologique spécialisé :

• Surveillance de la contamination microbiologique des environnements professionnels et domestiques à risque
• Surveillance de l’émergence de résistance aux antifongiques

Participation aux réseaux nationaux et internationaux

Réseaux internationaux

• Groupe de travail de l’OMS pour la prise en charge des échinococcoses (WHO-IWGE « World Health Organisation Informal Working Goup on Echinococcosis) et Réseau international Echinococcose kystique (Projet européen HERACLES et PERITAS)
• Groupe de travail européen sur la standardisation des PCR fongiques (Fungal PCR Initiative - Mucorales PCR laboratory working group)
• Réseau ETN/résistance aux antifongiques (Aspergillus resistance European Training Network)
• Groupes de travail ESCMID (ESCMID Fungal Infection study Group and ESCMID Study Group for Clinical Parasitology) 

Réseaux nationaux

• Réseaux de surveillance des infections fongiques (CNR des mycoses et antifongiques), du paludisme (CNR paludisme), de la toxoplasmose congénitale (CNR toxoplasmose), des cryptosporidioses, groupe de travail de l’Anofel et de la SFMM pour l’harmonisation de la démarche qualité (sérologie aspergillose, qPCR infection fongique).

Réseaux locaux 

• Réseau d’Aalergologie de Franche-Comté, Réseau des pathologies pulmonaires professionnelles agricoles.
   

Équipe médicale

Chef de service : Pr Laurence MILLON (PU-PH)

• Dr Anne-Pauline BELLANGER (MCU-PH)
• Dr Emeline SCHERER DIDIER (PH) 
• Pr Solange BRESSON (Professeur honoraire)
• Dr Séverine LALLEMAND (Praticien attaché)

Ingénieurs en biologie :

• Dr Steffi ROCCHI (mycologie environnementale ; résistance aux antifongiques)
• Dr Adeline SAN-ROUZET (pneumopathies d’hypersensibilité / antigènes recombinants)

Cadre de santé :

• Pauline CHATELAIN (faisant fonction cadre de santé)

Personnels spécifiques du CNR Echinococcoses

Responsable scientifique : Pr Laurence MILLON  

Biologistes :

• Dr Anne-Pauline BELLANGER
• Dr Emeline SCHERER DIDIER  

Ingénieurs :

• Dr Jenny KNAPP
• Dr Coralie BARRERA

Data manager : Florent DEMONMEROT

Secrétaire : Jennifer DUGOIS

L'activité de recherche des membres de l'équipe de parasitologie-mycologie est réalisée au sein de l'UMR CNRS 6249 - Laboratoire ChronoEnvironnement

Thème 1 : Environnement microbiologique et pathologies respiratoires

• Relation dose/effet entre les micro-organismes environnementaux et les pathologies respiratoires allergiques (pneumopathies d'hypersensibilité, asthme, mycoses broncho pulmonaires allergiques, bronchopneumopathies chronique obstructive)
• Optimisation du diagnostic sérologique des maladies respiratoires allergiques par le développement d'antigènes recombinants

Projets financés :

EMBRASE : Microbiological Environment and Allergic Risk, cohort of 5-year-old children  (ELFE cohort) - Agence Nationale de la Recherche (APP ANR 2017)

EvER-ILD2. Evaluation of Efficacy and safety of Rituximab in patients with progressive Interstitial Lung Disease (ILD) with inflammatory component: a multicentre double-blind placebo-controlled randomized trial. (PHRC national 20-0787)
 

Thème 2 : Infections fongiques invasives (aspergilloses, mucormycoses)

• Optimisation du diagnostic des aspergilloses invasives en réanimation
• Optimisation du diagnostic moléculaire des mucormycoses
• Fongicides et résistance environnementale des Aspergillus

Projets financés:

BM-ASPICU : Non-invasive tools to better diagnose invasive aspergillosis infections in ICU patients with covid-19 and other non-immunosuppressive conditions.– PFIZER Global Grant -promotion CHU Besançon - 2022-2024

MODIMUCOR : Prospective evaluation of a new molecular tool for early diagnosis of mucormycosis (PHRC national 13-0397)

Thème 3 : Epidémiologie et prise en charge des échinococcoses

• Développement de nouveaux biomarqueurs pour le suivi thérapeutique des échinococcoses
• Épidémiologie des échinococcoses (Réseau FrancEchino et Ofrekys)
• Études des interactions cellules/antigènes impliquées dans les mécanismes de tolérance
• Polymorphisme génétique et évolution clinique de l’échinococcose alvéolaire
• Eco-épidémiologie de la transmission l'échinococcose alvéolaire (facteurs de risques, transmission, rôle des animaux domestiques et sauvages)

Projets financés:

SICAR-ECHINO : Suivi individuel des carnivores pour l'étude de la dispersion environnementale d'Echinococcus multilocularis – Projet Amorçage Région Bourgogne Franche Comté + allocation doctorale Etablissement