Centre de Ressources Biologiques – Filière Microbiologique
Le Centre de Ressources Biologiques – Filière Microbiologique de Besançon (CRB-FMB) est spécialisé dans la collecte, la préparation, la conservation et la mise à disposition de microorganismes d’origine clinique et environnementale ainsi que dans la gestion des données associées.Voir la plaquette de présentation ici.
Le CRB-FMB référence à ce jour plus de 80 000 microorganismes. Les collections disponibles regroupent de nombreuses souches de bactéries multirésistantes aux antibiotiques : Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa par exemple. Des micro-organismes responsables de bactériémies ou d’infections ostéo-articulaires sont également conservés. D’autres collections regroupent des levures et champignons filamenteux. Un catalogue référence les principales collections de bactéries.
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Le catalogue du CRB-FMB référence ces principales collections de bactéries. En 2023, plus de 80 000 microorganismes étaient référencés au CRB-FMB. Pour plus de détail sur les collections et les données associés disponibles, contacter le CRB-FMB.
Caractéristique
Nombre de souches
Nombre d’espèces
Espèces principales
Origine
Acinetobacter baumannii
397
1
Acinetobacter baumannii
Clinique
Pseudomonas aeruginosa sensible ou multirésistant aux antibiotiques
5 331 1
Pseudomonas aeruginosa
Clinique et environnementale
Entérobactéries productrices de BLSE
9 193
>20
Escherichia coli
Klebsiella pneumoniae
Enterobacter cloacae
Citrobacter freundii
Klebsiella oxytocaClinique et environnementale
Staphylococcus aureus
méti-S ou méti-R17 715
1
Staphylococcus aureus
Clinique
Souches isolées d’hémoculture
32 620
>320
Escherichia coli
Staphylococcus aureus
Enterococcus faecalis
Staphylococcus epidermidis
Klebsiella pneumoniaeClinique
Souches isolées d’infections ostéo-articulaires
14 099
>280
Enterobacter cloacae
Enterococcus faecalis
Escherichia coli
Staphylococcus aureus
Staphylococcus epidermidisClinique
Bactéries anaérobies
1 539
> 50
Bacteroides spp Clostridium spp Fusobacterium sppPeptostreptococcus sppPorphyromonas sppPrevotella spp
Clinique
Levures
2 711
> 40
Candida spp
Cryptococcus spp
Pichia sppClinique
Champignons filamenteux
1 270
> 40
Aspergillus spp
Mucor spp
Trichoderma sppClinique et environnementale
(Dernière mise à jour : février 2025)
Missions
Le CRB-FMB assure la conservation de ses ressources biologiques de façon pérenne, avec des garanties de qualité et de traçabilité. In fine, le CRB-FMB met à disposition des ressources biologiques maîtrisées dans le respect des exigences règlementaires.
- La mise à disposition sanitaire est réalisée dans l’intérêt des patients hospitalisés, par la comparaison des isolats ou par l’étude de leur sensibilité aux antibiotiques de deuxième ou troisième ligne thérapeutique.
- La mise à disposition pour un protocole de recherche est réalisée après accord du conseil scientifique du CRB. Diverses collections de micro-organismes pathogènes d’origine clinique et environnementale peuvent être mises à disposition des chercheurs s’intéressant au risque infectieux, au déchiffrement des génomes microbiens, à la compréhension de l’émergence des mécanismes de résistance aux anti-infectieux, à la compréhension des dynamiques de diffusion des pathogènes résistants et à l’étude des infections associées aux soins.
Démarche qualité
- Depuis mars 2024, le CRB-FMB est certifié selon les normes ISO 9001 et ISO 20387 pour ses activités de recueil, conservation, préparation et mise à disposition à des fins de recherche de microorganismes annotés.
- Les microorganismes sont conservés à -80°C (EMT -55°C et -95°C).
Thématiques de recherche
Le CRB-FMB est une plate-forme biotechnologique collaborant étroitement avec le service d’épidémiologie-hygiène hospitalière du CHU Besançon Franche-Comté, dont les thématiques de recherche sont les suivantes :
- Risque infectieux
- Facteurs favorisant l’émergence des bactéries résistantes aux antibiotiques
- Epidémiologie clinique des bactéries résistantes aux antibiotiques
- Diffusion des bactéries résistantes aux antibiotiques en établissement de santé, en milieu communautaire et dans l’environnement.
Expertises
Le CRB-FMB est également spécialisé dans la qualification des microorganismes avec une expertise confirmée dans :
- la détection de la résistance aux antibiotiques
- le typage des bactéries multi-résistantes (PFGE, MLST, spectrométrie de masse MALDI-TOF, core genome MLST)
- l’analyse des génomes microbiens (WGS)
Équipe
- Pr Didier Hocquet, responsable
- Marlène Sauget, ingénieur
- Emma Paratte, technicienne
- Marion Richard, technicienne
- Amélie Varin, technicienne
Contact
Vous souhaitez obtenir des échantillons, mettre en place une collection ou déposer des échantillons?
Adressez un mail au CRB.
Pr Didier Hocquet, 03 70 63 21 34
Dr Marlène Sauget 03 70 63 21 35
Le CRB-FM a bénéficié d'un soutien de la Région à hauteur de 50 320 € pour l'acquisition d'un spectromètre infra-rouge dédié au typage rapide des micro-organismes pour la clinique et l'industrie.
Le CRB-FMB a été mis en place grâce à une subvention FEDER « Fonds européen de développement régional ».