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Le Centre de Ressources Biologiques – Filière Microbiologique

 

Le Centre de Ressources Biologiques – Filière Microbiologique de Besançon (CRB-FMB) est spécialisé dans la collecte, la préparation, la conservation et la mise à disposition de microorganismes d’origine clinique et environnementale ainsi que dans la gestion des données associées.

 

Le CRB-FMB référence à ce jour plus de 72 000 microorganismes. Les collections disponibles regroupent de nombreuses souches de bactéries multirésistantes aux antibiotiques : Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa par exemple. Des micro-organismes responsables de bactériémies ou d’infections ostéo-articulaires sont également conservés. D’autres collections regroupent des levures et champignons filamenteux. Un catalogue référence les principales collections de bactéries.

 

 

  • Le catalogue du CRB-FMB référence ces principales collections de bactéries. En 2020, plus de 72 000 microorganismes étaient référencés au CRB-FMB. Pour plus de détail sur les collections et les données associés disponibles, contacter le CRB-FMB.

    Caractéristique

    Nombre de souches

    Nombre d’espèces

    Espèces principales

    Origine

    Acinetobacter baumannii

    544

    1

    Acinetobacter baumannii

    Clinique

    Pseudomonas aeruginosa sensible ou multirésistant aux antibiotiques

    1 362

    1

    Pseudomonas aeruginosa

    Clinique et environnementale

    Entérobactéries productrices de BLSE

    6 509

    >20

    Escherichia coli
    Klebsiella pneumoniae
    Enterobacter cloacae
    Citrobacter freundii
    Klebsiella oxytoca

    Clinique et environnementale

    Staphylococcus aureus
    méti-S ou méti-R

    18 567

    1

    Staphylococcus aureus

    Clinique

    Souches isolées d’hémoculture

    27 889

    >320

    Escherichia coli
    Staphylococcus aureus
    Enterococcus faecalis
    Staphylococcus epidermidis
    Klebsiella pneumoniae

    Clinique

    Souches isolées d’infections ostéo-articulaires

    11 114

    >280

    Enterobacter cloacae
    Enterococcus faecalis
    Escherichia coli
    Staphylococcus aureus
    Staphylococcus epidermidis

    Clinique

     

    (Dernière mise à jour : mars 2021)

 

 

Missions

Le CRB-FMB assure la conservation de ses ressources biologiques de façon pérenne, avec des garanties de qualité et de traçabilité. In fine, le CRB-FMB met à disposition des ressources biologiques maîtrisées dans le respect des exigences règlementaires.

  • La mise à disposition sanitaire est réalisée dans l’intérêt des patients hospitalisés, par la comparaison des isolats ou par l’étude de leur sensibilité aux antibiotiques de deuxième ou troisième ligne thérapeutique.
  • La mise à disposition pour un protocole de recherche est réalisée après accord du conseil scientifique du CRB. Diverses collections de micro-organismes pathogènes d’origine clinique et environnementale peuvent être mises à disposition des chercheurs s’intéressant au risque infectieux, au déchiffrement des génomes microbiens, à la compréhension de l’émergence des mécanismes de résistance aux anti-infectieux, à la compréhension des dynamiques de diffusion des pathogènes résistants et à l’étude des infections associées aux soins.

 

Démarche qualité

  • Depuis mars 2017, le CRB-FMB est certifié selon la norme NF S96-900 “Management d'un centre de ressources biologiques” pour ses activités de recueil, conservation, préparation et mise à disposition à des fins de recherche de microorganismes annotés. En 2020, le CRB s’est engagé dans un nouveau cycle de certification (2020-2022) avec un nouvel organisme de certification : Euro-Quality System France (EQS).
  • Les microorganismes sont conservés à -80°C (EMT -55°C et -95°C).

 

Thématiques de recherche

Le CRB-FMB est une plate-forme biotechnologique collaborant étroitement avec le service d’épidémiologie-hygiène hospitalière du CHU de Besançon, dont les thématiques de recherche sont les suivantes :

  • Risque infectieux
  • Facteurs favorisant l’émergence des bactéries résistantes aux antibiotiques
  • Epidémiologie clinique des bactéries résistantes aux antibiotiques
  • Diffusion des bactéries résistantes aux antibiotiques en établissement de santé, en milieu communautaire et dans l’environnement.

 

Expertises

Le CRB-FMB est également spécialisé dans la qualification des microorganismes avec une expertise confirmée dans :

  • la détection de la résistance aux antibiotiques
  • le typage des bactéries multi-résistantes (PFGE, MLST, spectrométrie de masse MALDI-TOF, core genome MLST)
  • l’analyse des génomes microbiens (WGS)

 

Équipe

• Pr Didier Hocquet, responsable
• Marlène Sauget, ingénieur
• Marion Richard, technicienne
• Marilou Bourgeon, technicienne
 

Contact

Vous souhaitez obtenir des échantillons, mettre en place une collection ou déposer des échantillons? Adressez un mail au CRB

Pr Didier Hocquet, 03 70 63 21 34
Dr Marlène Sauget 03 70 63 21 35
 

Le CRB-FMB a été mis en place grâce à une subvention FEDER «Fonds Européen de DEveloppement Régional».