Le registre enregistre tous les nouveaux diagnostics de cancer survenus chez des personnes domiciliées dans ces deux départements, quel que soit le lieu de leur prise en charge. Les données de plus de 100 000 patients et près de 120 000 tumeurs sont ainsi enregistrées. Elles portent sur le diagnostic, la localisation, la morphologie, le stade, le grade, les marqueurs, les traitements…  Ce recueil continu et exhaustif est favorisé par de nombreuses collaborations avec les partenaires régionaux, et par l’organisation régionale de la cancérologie déployée en Franche-Comté avec l’Institut régional fédératif du cancer (IRFC).

Le registre participe à la surveillance épidémiologique des cancers aux niveaux national et international, par la publication d’indicateurs d’incidence, de prévalence et de survie. Par la qualité de sa base de données populationnelle et par l'exhaustivité de son recueil, il participe aux études concernant tant les facteurs de risque, que le dépistage, la survie, les modes de prise en charge et les traitements des différents cancers.

Pour la recherche comme pour la surveillance épidémiologique, l’activité du registre s’inscrit dans le contexte régional et interrégional, ainsi que dans le cadre défini au niveau national, par le Programme de travail partenarial qui allie Santé publique France, l’Institut national du cancer, le réseau des registres de cancers français et le service de biostatistiques des Hospices civils de Lyon.

Depuis les années 80, les données du registre sont utilisées dans des programmes internationaux de recherche et le dynamisme du Registre se traduit par un nombre important de publications scientifiques dans des revues internationales.
Composante de la plate-forme « Épidémiologie » du Cancéropôle Grand-Est, le registre participe activement à ses activités de recherche. Il collabore également avec les registres spécialisés de Côte d’Or et le CHU de Dijon dans le cadre de la Communauté d’Universités et d’Établissements Bourgogne/Franche-Comté (UBFC). Son rattachement à l’équipe d’accueil 3181 de l’Université de Franche-Comté, « Carcinogenèse associée aux papillomavirus humain », se concrétise par la thématique HPV, l’un de ses axes de recherche historique. 

Les coopérations construites entre les établissements franc-comtois dans le cadre de l’IRFC favorisent les interactions du registre avec les cliniciens, les pharmaciens et les biologistes. Le registre développe d’autres collaborations, avec l’Unité de méthodologie et de qualité de vie en cancérologie du CHRU de Besançon (Pr Bonnetain) et l’UMR-Inserm 1098 (Pr Saas & Adotevi), pour mettre à disposition des chercheurs un service adapté au paysage moderne de la recherche en cancérologie.

Le Registre est placé sous la responsabilité scientifique du Dr Anne-Sophie Woronoff et la présidence du conseil scientifique est confiée au Pr Virginie Westeel.

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