Actuellement, les établissements de santé ont pour mission de favoriser la diffusion de certaines innovations coûteuses : dispositifs médicaux, médicaments, techniques diagnostiques, thérapeutiques et organisationnelles… Par conséquent, pour élaborer les documents de référence des établissements de santé (les objectifs stratégiques du projet médical, le contrat d'objectifs et de moyens ainsi que le projet de gestion annuel), il est nécessaire de prendre en compte les avancées technologiques biomédicales et les découvertes scientifiques.

La délégation à la recherche clinique et à l'innovation est en charge de la promotion et de la gestion des innovations diagnostiques et thérapeutiques au CHU de Besançon. Ces innovations connaissent une promotion nationale du ministère de la Santé (DGOS) et de l'Institut national du cancer (INCa) avec le programme de recherche médico-économique (PRME) et une promotion locale avec la commission du médicament et des dispositifs médicaux (COMEDIMS) et la commission des examens de laboratoire du CHU de Besançon. Ces différentes instances peuvent statuer sur les projets concernant l'innovation suivant la thématique développée et le nombre d'inclusions nécessaires.