Le CHU de Besançon est l'établissement de santé de recours pour la Franche-Comté en ce qui concerne les disciplines à risques et complexes. Cela signifie que les patients sont transférés au CHU, en cas de nécessité, pour les activités ne pouvant être assurées par les centres hospitaliers de la région.

Créées par une loi de 1999, les FMIH visent à rapprocher les activités médicales d'un ou plusieurs établissements de santé en regroupant certains pôles d'activité clinique ou médico-technique ou certaines structures internes de ces pôles.

Elles sont placées sous la responsabilité d'un praticien hospitalier coordonnateur.

• FMIH en orthopédie avec le GH de Haute-Saône (2009)
• FMIH en radiothérapie avec l'hôpital Nord Franche-Comté (2011)
• FMIH en hématologie avec le CHU de Dijon (2011)
• FMIH en gastro-entérologie avec le GH de Haute-Saône (2013)
• FMIH en oncologie avec l'hôpital Nord Franche-Comté (2013)
• FMIH en néphrologie avec le CH de Dole (2013)
• FMIH en imagerie médicale avec le GH de Haute-Saône (2013)
• FMIM en neurologie (2013)
• FMIH en gériatrie avec le Centre de soins des Tilleroyes (2019)
• FMIH en chirurgie thoracique avec le CHU de Dijon (2019)

Créée par l'ordonnance du 24 avril 1996, cette forme de coopération vise à faciliter, développer ou améliorer l'activité de ses membres.

A cet effet, des Groupements de coopération sanitaire (GCS) peuvent être constitués pour organiser ou gérer des activités administratives, logistiques, techniques ou encore d'enseignement ou de recherche. Ils permettent également des interventions communes de professionnels médicaux et non-médicaux.

• GCS Emosist : système d'information (2005)
• GCS Grand Est : coopération interrégionale (2008)
• GCS IRFC : Institut régional fédératif du cancer (2008)
• GCS IFPS : Institut de formation de professions de santé (2010)
• GCS de blanchisserie avec le CH de Novillars (2012) et le centre de long séjour de Bellevaux (2013)
• GCS Réseau régional des urgences hospitalières Franche-Comté (2014)

Le CHU de Besançon dispose de médecins et personnels soignants spécifiquement formés à la prise en charge de la fin de vie.

L'Equipe mobile de soins palliatifs (EMSP) assure une action de conseil, soutien et d'information auprès des personnels soignants des établissements de santé et médico-sociaux et notamment des EHPAD.

L'EMSP intervient dans les établissements suivants :

• Avanne - Centre Jacques Weinman
• Baume-les-Dames - Centre hospitalier
• Besançon - Centre de Long séjour de Bellevaux
• Besançon - EHPAD La Retraite
• Besançon - EHPAD Saint-Ferjeux
• Fraisans - EHPAD Les Opalines
• Franois - MAS Georges Pernot
• Gray - Centre Hospitalier
• Mamirolle - EHPAD A.Marquiset
• Montferrand le Château - EHPAD Jean XXIII
• Thise - EHPAD Les Ophéliades

Le CHU de Besançon est le promoteur de 3 réseaux de santé.
 

Améliorer la qualité des prises en charge des femmes enceintes et de leurs nouveau nés en proposant un réseau gradué de proximité constitue l'objectif premier des Réseaux de santé périnatale (RSP).

Afin d'y répondre, le RPFC a mis en place dès 2005 des niveaux de proximité animés par des sages-femmes.

Ainsi, les actions mises en œuvre visent à fédérer les acteurs de la périnatalité, concourir à leur formation, améliorer le repérage et la prise en charge des situations à risques périnatal (somatique, psychique et social) et soutenir les compétences des familles dans leur projet de naissance et l'accueil du nouveau-né.

Le RUN permet d'optimiser la prise en charge des urgences neurologiques, notamment les accidents vasculaires cérébraux (AVC) et les traumatismes crâniens, quel que soit le lieu de survenue de l'urgence dans toute la région, en particulier dans les localités éloignées des centres médicaux et chirurgicaux spécialisés.

Il coordonne les activités inter-hospitalières, favorise l'organisation intra-hospitalière locale et il s'étend sur l'ensemble de la filière de la prise en charge jusqu'au retour à domicile.

Ainsi, le réseau RUN a développé de nouvelles modalités de suivi à long terme des patients victimes d'AVC.

Son développement depuis 2001 a été facilité par l'utilisation des outils de la télémédecine.

L'objectif du RAFT est d'optimiser la prise en charge du patient allergique par une meilleure connaissance et maîtrise de son environnement.

Il propose également de fédérer les différents acteurs (hôpital, ville, médicaux et para médicaux) prenant en charge le patient de façon multidisciplinaire pour dégager des consensus de pratiques communes, de mener des actions de prévention, d'éducation du patient, et d'information concernant ces maladies dont la prévalence est en constante augmentation.

Le RAFT constitue donc un des pivots régionaux en matière de santé-environnement.

Conclue le 11 mars 1966, largement refondue en 2010 et révisée à nouveau en 2015, la convention avec l'Université de Franche-Comté est l'acte fondateur du CHU de Besançon.

Le caractère universitaire du CHU se traduit par une association étroite avec l'unité de formation et de recherches Santé.

Chaque année, environ 600 étudiants et 450 internes sont formés dans les services du CHU. de nombreux projets de recherche sont menés par les équipes du CHU en lien étroit avec les équipes universitaires.

Favorisé par la proximité géographique des 2 établissements, de nombreux partenariats ont été instaurés et formalisés entre le CHU de Besançon et le CHU de Dijon.

L'accord-cadre conclu le 14 mai 2009 a pour objectif de renforcer les liens déjà étroits entre les équipes médicales des 2 CHU. Ce partenariat concerne plus particulièrement les activités d'hématologie, de neurologie, de greffes d'organes et des laboratoires.

Un accord-cadre entre le CHU de Besançon et le Centre Georges-François Leclerc à Dijon a été conclu le 29 avril 2015.

Le CHU a également accord de collaboration avec l'EFS Bourgogne Franche-Comté.